说到circRNA，小伙伴们应该不会太陌生吧？其作为非编码RNA界的耀眼新星，最近几年受到各位学者们的大力追捧。小编对近三年circRNA的国自然基金中标情况进行了统计，结果着实吓了我一跳。2014年有关circRNA的国自然只有3项，2015年增长到13项，而2016年居然有64项！！！这增长速度，小样儿，你这是要上天咋的？！本期小编带领诸位看官一起领略下circRNA的厉害~~先透漏一下，末尾有惊喜呦！
近三年circRNA中标数量
circRNA为虾米这么受欢迎？
环状RNA（circRNA），就是一类具有调控基因表达作用的内源性RNA，呈封闭的环状结构。早些年呢，circRNA被看成RNA转录剪切的副产物，几乎无人问津。而近年来，随着RNA-seq的迅猛发展，科学家们揭开了circRNA的神秘面纱。自发现后，学者们便不可自拔，对它爱爱爱不完，各种研究井喷式增长。由于circRNA稳定性强，在不同的物种中具有保守性，同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性，在临床医学领域中的应用潜力无可估量呀。
1979年，首次观察到真核细胞质中的circRNA
circRNA是怎么产生的腻？
circRNA的产生方式主要有两种，包括外显子环化和内含子环化。环状外显子RNA（circular exonic RNA）多数存在于细胞质中，由pre-mRNA的反向剪切而成，主要有两种模型：套索驱动环化和内含子配对驱动环化。有时，内含子可独立环化形成circRNA，这类circRNA为内含子来源的环状RNA（circular intronic RNA，ciRNA），该类circRNA主要存在于细胞核中。另外，2015年最近研究发现，某些环化外显子中间保留有内含子，此类circRNA被称为外显子-内含子circRNA ( exon-intron circRNA or EIciRNA)，目前这类的发生机制还没研究清楚呢。
circRNA的产生方式
circRNA是肿么发挥作用的？
circRNA与其他分子的相互作用，主要有：1）circRNA与miRNA的相互作用：circRNA充当miRNA的海绵；2）circRNA与蛋白质的相互作用：捕获RNA结合蛋白（RBP），从而影响RNA-复合体发挥作用；3）circRNA的翻译功能：可与核糖体结合，重新发挥翻译蛋白质的功能。此外，以下功能也不可忽视呦，circRNA可以调节 pre-mRNA的剪接，从而影响蛋白的产生；circRNA含有miRNA结合位点，可吸附miRNA间接调控mRNA表达；ciRNA正调控RNA聚合酶II转录物活性； EIciRNA与小核糖体U1snRNP结合，提高亲本基因的转录等。circRNA的更多功能还等待着您的挖掘呦！
circRNA的功能
circRNA在临床中取得了咋样的成绩腻？circRNA在疾病的发生发展过程中发挥了至关重要的作用，其中circRNA与肿瘤的研究热度最高。目前，已发现的circRNA与肿瘤的关系有：i）circRNA调节肿瘤的发生：ciRS-7通过抑制具有抑癌作用的miR-7的活性，从而调节胃癌、肝癌和恶性胶质瘤等恶性肿瘤的发生；ii）circRNA作为癌症生物标记物：如食管癌组织中环状ITCH（cir-ITCH）的表达量显著低于正常组织，circRNA在直肠癌组织的表达量下降等。除肿瘤外，circRNA与动脉粥样硬化、帕金森和糖尿病等生理、病理现象的相关研究也开始兴起啦。
看了这么多，大家是不有点累了呢？客官莫急，下面我简单分享了个案例，给诸位解解乏。
案例：Tracing the expression of circular RNAs in human pre-implantation embrys. Genome biology, IF:11.313.
本文是汤富酬和乔杰团队的最新力作，该文成功开发了SUPeR-seq技术，可同时对polyA（+）和polyA（-）的RNA进行研究，并首次全面的分析了人类卵母细胞及植入胚胎的circRNA。首先，转录组测序鉴定出了10032个circRNA。然后，利用CIPCexplorer软件对circRNA的表达情况进行分析，结果显示大部分circRNA在不同发育阶段存在明显的差异。
卵母细胞和植入前胚胎的表达情况
接下来，比较人类和小鼠的circRNA，得出产生circRNA的host基因大部分为同源基因。对这些同源基因进行GO富集，发现主要富集在genes of organelle organization等通路。最后，组装了新的转录本，这些新转录本中绝大部分属于lncRNA。
人类和小鼠胚胎中circRNA的比较
看到这里，想必有的小伙伴已经宠宠欲动了吧？小编这就来总结一下circRNA的测序相关问题。
circRNA测序方案及测序量：
1. 去核糖体，构建lncRNA文库，在此基础上使用生物信息学方法预测circRNA
优点：不需要使用RNase R减少部分实验消耗可以同时研究mRNA, lncRNA, circRNA
缺点：只能研究部分高表达的cirRNA，检测准确度差
建议测序量：15G
2. 去核糖体，使用RNase R去除线性RNA
优点：circRNA检出量高，是第一种方案的20倍
缺点：只能研究circRNA
建议测序量：6-8G
circRNA的送样标准：
物种类型：真核有参，建议以模式生物为主
样本类型：细胞、新鲜组织或足量的total RNA
样品量：浓度≥200ng/μl；total RNA总量≥10μg
样本质量：OD260/280介于1.8~2.2之间；OD260/230≥1.5，RIN≥6.5，确保RNA无降解
样品保存运输：RNA用离心管保存，封口膜封口后用干冰运输，组织样品则用冻存管保存，干冰或液氮运输
分析内容：
circRNA的鉴定、分类
circRNA表达差异分析
host基因/差异基因GO、KEGG富集分析
miRNA靶基因预测
mRNA-circRNA调控网络
多样本PCA分析
特定circRNA表达趋势折线图
惊喜在此！美吉生物转录组测序大升级，创新推出“全转录组项目”，除了分析circRNA外，更可将circRNA与mRNA、miRNA和lncRNA进行全传录组关联分析，助您打通任督二脉，勇攀科研高峰。如果您想了解更多的转录组信息，欢迎在公众号“美吉生物”中留言，或直接拨打总部电话：021-51875086，期待您的咨询呦。