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干货 | DNA电泳优化宝典,让条带清晰可见!

作者:翌圣生物科技(上海)股份有限公司 2024-10-25T00:00 (访问量:29145)

 

核酸电泳是分子生物学研究中的一项基本技术,广泛应用于基因克隆、DNA指纹分析、RNA表达研究等领域。这项技术的核心在于利用电场驱动DNA或RNA分子通过凝胶基质,实现不同大小分子的分离。尽管核酸电泳的原理相对简单,但其往往影响最终的成果展示。所以在实际操作过程中,如何提高电泳效率、获得更清晰的条带一直是研究人员追求的目标。小翌将分享一些实用的实验室小窍门,以帮助各位科研小伙伴们提高电泳效率~

 

 

小窍门1 

选择合适的凝胶浓度和电泳缓冲液

凝胶浓度对电泳分离效率有着直接影响。琼脂糖是最常用的凝胶材料,其浓度通常在0.7%至2%之间选择。浓度越高,凝胶的分子孔径越小,DNA迁移速率越慢,但分辨率越高。反之,浓度越低,DNA迁移速率越快,但分辨率较低。电泳缓冲液的组成对DNA的迁移速度和分离效率同样重要。因此,针对实验目的不同,选择合适的凝胶浓度与适配的电泳缓冲液。

 

琼脂糖浓度

有效分离范围(bp)

推荐缓冲液

0.5%

2,000-50,000

1×TAE

0.8%

800-10,000

1×TAE

1.0%

400-8,000

1×TAE

1.2%

300-7,000

1×TAE

1.5%

200-3,000

1×TAE/0.5×TBE

2.0%

100-2,000

1×TAE/0.5×TBE

3.0%

25-1,000

0.5×TBE

 

 

TAE缓冲液

TAE缓冲液含有乙酸(Acetic acid)、EDTA和Tris,适合用于快速电泳和大片段DNA的分离。乙酸的存在降低了凝胶的pH值,有助于提高电泳速度。

    

TBE缓冲液

TBE缓冲液含有硼酸(Boric acid)、EDTA和Tris,其离子强度较高,适合用于小片段DNA的高分辨率分离。硼酸根离子的存在增强了凝胶的稳定性,有助于提高分离效率。因此凝胶浓度越大,需采用TEB缓冲液,便于分离条带。

   

 

小翌有多种琼脂糖,适合不同的应用场景,供大家选择~

 

 

小窍门2 

样品准备

 

DNA纯化

确保DNA样品的纯度,避免蛋白质、多糖和其它杂质的污染,这可以通过适当的纯化步骤实现。纯化的DNA样品能够提供清晰的电泳条带,减少背景干扰。

    

DNA Marker

选择背景干净、带型稳定、大小精准的DNA Marker,如翌圣GoldBand系列DNA Marker(Cat#10501ES-10518ES)。

   

 

小窍门3 

均匀加样

 

加样技巧

使用加样器时保持平稳,右手执移液枪,左手扶在移液枪前方细柄处,斜角45℃悬空插入点样孔中2-3 mm处点样。尽量避免戳破凝胶,避免样品接触凝胶表面,减少样品扩散。均匀的加样能够确保DNA片段在凝胶中的一致迁移,避免条带扭曲或模糊。

   

加样量

控制适当的加样量,过量的样品会导致条带模糊。适量的加样能够保证条带的清晰度和可读性,其上样量与核酸电泳制胶时的梳子大小相关。

 

梳子厚度(mm)

梳子孔宽(mm)

每孔最大上样量(μL)

推荐上样量(μL)

1.0

~3

~15

5-10

1.5

~4.2

~25

10-15

1.5

~7

~50

20-40

2.0

~1.5

~200

80-150

   

 

 

小窍门4 

电泳条件

 

电压控制

根据凝胶长度和厚度调整电压,过高的电压会导致热量积累,影响DNA的迁移。适宜的电压设置有助于保持恒定的电泳速度,避免条带扭曲。

    

恒压电泳

优先选择恒压电泳而非恒流电泳,以保持电场强度的稳定。恒压电泳能够减少电泳过程中的热效应,提高分离效率。但需注意电压控制在110-130v为佳,过高电压易造成不稳定脉冲,影响电泳效果。

   

 

 

小窍门5 

预电泳

如果是新鲜配制的缓冲液,在加样前进行预电泳,可以清除凝胶中的杂质和气泡,平衡凝胶孔隙中的离子浓度,减少样品迁移过程中的阻力,提高电泳效率。预电泳时间一般建议5-10分钟。

 

 

小窍门6 

使用新鲜凝胶

 

避免重复使用

重复使用的凝胶可能会因缓冲液的渗入而改变孔隙大小,影响分离效果。新鲜凝胶能够提供一致的孔隙率,保证电泳结果的可重复性。

 

 

小窍门7 

核酸染料的选择

 

安全染料

使用YeaRed(Cat#10202ES)或YeaGreen(Cat#10204ES)无毒核酸染料,避免使用EB等有毒染料,减少紫外光暴露风险。安全染料不仅对操作人员更安全,而且对环境的影响更小。

   

 

小翌希望通过上述小窍门的实施,可以帮助大家显著提高核酸电泳的分离效率和结果的清晰度,进一步提高实验的效率和安全性~

 

 

产品推荐

 

产品名称

产品编号

规格

YeaRed 核酸染料(10,000×水溶液)

10202ES76

500 μL

YeaGreen Nucleic Acid Gel Stain (10,000×in Water) 核酸染料

10204ES76

500 μL

Agarose琼脂糖

10208ES60/76

100 g/500 g

GoldBand DL2,000 DNA Marker

10501ES60/80

100 T/10×100 T

GoldBand DL600 DNA Marker

10502ES60/80

100 T/10×100 T

GoldBand DL5,000 DNA Marker

10504ES60/80

100 T/10×100 T

GoldBand DL10000 DNA Marker

10505ES60/80

100 T/10×100 T

GoldBand 100 bp DNA ladder

10507ES60/80

100 T/10×100 T

GoldBand 1 kb DNA ladder

10510ES60/80

100 T/10×100 T

GoldBand Full-Scale DNA Ladder

10511ES80

1 mL

GoldBand 15000 DNA Marker

10512ES60/80

100 T/10×100 T

GoldBand 50bp DNA Ladder

10515ES60/80

100 T/10×100 T

GoldBand 100bp plus DNA Ladder

10516ES60/80

100 T/10×100 T

GoldBand 200 bp DNA Ladder

10517ES60/80

100 T/10×100 T

GoldBand 500 bp DNA Ladder

10518ES60/80

100 T/10×100 T

 

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