上新 | 多样本适用,16S扩增子建库利器来袭!-技术前沿-资讯-生物在线

上新 | 多样本适用,16S扩增子建库利器来袭!

作者:翌圣生物科技(上海)股份有限公司 2024-10-25T00:00 (访问量:18495)

 

微生物群落多样主要包括物种多样性、遗传多样性和功能多样性3个方面,在环境、能源、食品与人体健康等诸多领域有着广泛的研究与应用。16SrRNA扩增子测序技术是微生物群落多样性检测最常用的组学技术之一,该技术无需对微生物分离培养,直接提取样本里面所有微生物的基因组,利用合适的通用引物扩增16S rDNA/18S rDNA /ITS等高变区或功能基因,采用高通量测序仪Miseq、Hiseq或Novaseq对其进行测序,通过生物信息学分析可以获得特定实验样品中细菌、真菌或古菌等的物种组成、物种丰度、系统进化、群落比较等诸多信息。

 

 01

16S rDNA测序

16S rDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列,具有10个保守区域和9个可变区域,其中保守区在细菌间差异不大(反映了生物物种间的亲缘关系),可变区具有属或种的特异性。对16S rDNA某个可变区进行测序,可用于研究微生物中细菌或古菌的群落结构多样性。

 

原核微生物的16S rRNA基因长度约为1500 bp,二代测序平台对应扩增引物一般选用V3-V4区域或V4区域,三代测序平台可选用全长扩增引物(27F/1492R)。

 

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18S rDNA测序

18S rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。对 18S rDNA某个高变区进行测序,用于研究环境样本中真核微生物群落结构多样性。

 

真核微生物18S rRNA基因长度1500-2000 bp,引物一般选用V4区域。

16S rDNA测序

16S rDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列,具有10个保守区域和9个可变区域,其中保守区在细菌间差异不大(反映了生物物种间的亲缘关系),可变区具有属或种的特异性。对16S rDNA某个可变区进行测序,可用于研究微生物中细菌或古菌的群落结构多样性。

 

原核微生物的16S rRNA基因长度约为1500 bp,二代测序平台对应扩增引物一般选用V3-V4区域或V4区域,三代测序平台可选用全长扩增引物(27F/1492R)。

 

 

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ITS测序

ITS分为两个区域:ITS1和 ITS2,ITS1位于真核生物rDNA序列18S和 5.8S之间,ITS2位于真核生物rDNA序列5.8S和28S之间。对ITS1(350 bp)或ITS2(400 bp)进行测序,用于研究环境微生物中真菌群落结构多样性。

 

ITS区长度则为400-900 bp,引物一般选用ITS1区域。

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宏条形码测序

DNA条形码(DNA barcode)是可以代表物种的、有足够变异的、易扩增且相对较短的生物DNA片段。宏条形码技术结合了DNA条形码和高通量测序技术的优势,使用特异性引物对目标生物类群的基因进行扩增,并通过高通量测序技术增加测序深度,从而增加对环境DNA的覆盖度和识别度。05

目标区域扩增子测序

利用二代高通量测序技术,对某些目标基因(如产甲烷古菌,固氮菌等)的PCR产物进行测序及分析。

 

 

产品介绍

01

16S rDNA文库建库试剂盒利用高通量测序技术对16S rDNA中V3-V4或V4区片段进行扩增,结合生物信息学技术,检测特定环境下的微生物,鉴定所检细菌种类,提供环境样本物种分类、物种丰度、种群结构、系统进化等诸多信息。试剂盒中包含进行细菌16S rDNA扩增的所有试剂、16S PCR扩增引物F/R,组合Illumina 和MGI平台 Index 引物试剂盒用于16S rDNA片段的扩增。

 

 

产品应用

 

· 

科学研究:进行微生物群落结构和功能研究;

·  

临床监测:用于疾病诊断、感染控制和治疗监测;

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环境监测:评估环境样本中的微生物多样性和污染情况;

· 

农业研究:研究土壤微生物群落对作物生长的影响;

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能源领域:特殊功能的菌株、基因挖掘、工程菌的开发;

· 

食品相关监测:检测和控制食品中的微生物污染。

· 

产品特点

03

适用多样本类型:兼容大多数常见环境样本,如土壤、粪便、水体、生物膜等;

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高效率扩增:灵敏度低至0.1 ng,特异性优,均一性好;

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测序数据质量高:低背景、高覆盖度、高均一性。

· 

 

性能展示

04

 

 

产品信息

05

应用方向

产品名称

货号

规格

提取试剂盒

MolPure® Mag Soil/Stool DNA Kit 磁珠法土壤/粪便DNA提取试剂盒

18526ES20

20 T

18526ES50

50 T

16S rDNA鉴定

 

16S(V3-V4)Bacterial AmpSeq Prep Kit ForIllumina

12983ES08

8 T

12983ES24

24 T

12983ES96

96 T

16S(V4)Bacterial Metagenomic Library Construction Kit For MGI

12933ES08

8 T

12933ES24

24 T

12933ES96

96 T

16S/18S/ITS/宏条形码/功能基因扩增子等

2×Hieff NGS® HG MμLtiplex PCR Master Mix

13283ES03

1 mL

13283ES08

5×1mL

16S 全长多重扩增试剂

2×Hieff® Ultra-Long PCR Master Mix

10158ES03

1 mL

 

 

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